Действия игры разворачиваются во времена ещё до основания Конохи, когда мир был охвачен безжалостной войной, когда кланы не были привязаны к территориям, а действовали как вооружённые ополчения становясь на сторону того, кто им больше заплатит. И среди многочисленных кланов были два, которые считались сильнейшими — Учиха и Сенджу. Первые обладали невероятной чакрой и шаринганом, а под властью вторых был древесный элемент — мокутон. Говорили, что им не было равных в бою. Если одна страна нанимала Сенджу, то её противник нанимал Учих.
Но не долго они держали своё превосходство. Время шло, и вскоре о себе начали заявлять семьи ничем не уступающие по силе. Настала эпоха улучшенного генома.
Клан Кагуйя способный без всякого труда управлять кальцием в своём теле, а их кости покрепче будут какой либо стали. Собуку, в чей власти находиться железный песок. Акасуна — клана искусных кукловодов, мастеров своего дела. Тсукури — обладающие способностью создать взрывчатку из глины и собственной чакры. Юбари — единственный в своём роде клан безсмертных, верующие фанатики, способные без труда проецировать нанесённые себе ранения на тело противника. И конечно же Судзуки: обладатели хьёутона — элемента льда.